電影: Naoko Matsui

斧江財團位於北海道函館的收藏庫，收到了來自怪盜基德的預告信。 基德這次的目標，是與幕末的新選組副長．土方歲三有關的日本刀。尋求大寶石的基德，為何會盯上刀……？另一方面，關西的名偵探．服部平次與柯南等人，也為了在函館舉辦的劍道大賽而造訪當地，預告犯罪日當天，平次成功識破基德的偽裝，並將他逼入絕境，然而……！？ 同一時間，在函館倉庫街上發現一具胸前有十字刀痕的遺體。在調查過程中浮出水面的，是在亞洲一帶以軍火商身分行動，被稱為「死亡商人」的日裔美籍男子。 他在尋找戰時與軍需產業有密切關係，斧江家第一...

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兩年前，10歲的天才少年澤田弘樹在完成人工智能後墜樓身亡。 兩年後的某一天，眾多政商名流來到米花市政大樓。這裏正在舉行能夠一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲機「繭」的發表會。他們的子女全都受邀參加。玩家可透過這個遊戲，進入虛擬世界中，體驗實地遊玩遊戲的快感。結合最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入一部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦操作讓遊戲者沉睡於歷史上曾經發生過事件的年代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。 柯南、灰原及少年偵探團成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰陽...

東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。同時間，小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前藥師如來佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。 服部亦因殺人案，前往京都調查事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被...

與毛利小五郎有關係的人一個個都遭到不明兇手的襲擊。兇手襲擊後都會留下一張花色為黑桃的撲克牌，因而警方將兇手指向是曾任賭場荷官且被毛利逮捕的村上丈，但這只是兇手的圈套。兇手透過某些管道得知村上丈善於玩撲克牌，加上村上丈曾經被當時任職刑警的毛利小五郎逮捕，進入米花監獄服刑。兇手先殺害村上丈，並因兇手想要殺害的人名字中都有數字的緣故，遂使用撲克牌行兇嫁禍給村上丈。 後來柯南發現，村上丈是左撇子，而兇手卻是右撇子，而故在東京灣的行兇完全不是村上丈所為。透過當時被踢翻的飲料飛濺在兇手褲子上的痕跡、小山內...

專針對警察的連續殺人案件發生了，警察內部引起巨大的回響。對於想得到案件情報的小五郎，目暮警部卻意外地守口如瓶。看到如此情況的柯南，聯想到事情可能和警察內部有莫大的關係。然後，下一個被槍擊的目標居然是佐藤刑警，正好也在案發現場的小蘭受到案件的刺激而失去記憶。兇手為了滅口，就企圖把唯一的目擊證人—小蘭殺害。深知情況嚴重的柯南，為了保護小蘭，不惜孤身犯險去把犯人找出來。...

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以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（註：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受着絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿着彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉...

開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的...

以東京為中心發生六件大範圍的連續殺人事件，引起警政高層的重視，柯南意外地發現「黑色組織」涉及整個事件! 如果他們知道工藤新一還活着的話，那麼新一與柯南的夥伴們會不會一併遭到追殺?! 知道事態危險的柯南又如何獨自展開搜查.....

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

柯南用新一的身份在電話不自願地約會了小蘭，陪她看5月3日的午夜場電影，以便請求小蘭替他參加森谷帝二教授舉辦的茶會。柯南為此十分煩惱，不知如何掩飾他變小的事實。目送小蘭離開後，柯南接到一個電話，是來歷不明的炸彈客挑戰柯南！ 少年偵探團收到的引爆遙控飛機、被安裝了炸彈並裝着小貓的寵物籃，還有東都環狀線的五顆炸彈陷阱，大家奮力推理，才及時預防了可能發生的意外。可是，最後被安裝了炸彈的地點其實是工藤新一和小蘭的約會地點－米花市政大樓！柯南該怎麼辦呢？...

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展...

鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裏錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？ 不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裏，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。江戶川柯南除了要防止怪盜基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底江戶川柯南...

毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。...

滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是雷朋三世假扮基德犯案，而這次的對手將是雷朋三世。 雷朋三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到雷朋三世預告函的目暮十三等人，迎來了雷朋三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕雷朋三世。雷朋三世則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子亞倫·史密西。他的目的到底是什麼？ 與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像艾米力歐·巴瑞帝。但艾米力歐收...

梵高名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。...

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝着柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前...

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室祕寶「記憶彩蛋」。柯南與服部聯合保護「記憶彩蛋」，因毛利小五郎將作案時間推理錯誤使基德得逞，但基德於逃走中途被不明人物狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。...