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東京各處陸續發生了一系列機械人暴走的事情，經過調查，發現可疑之處是一套新推出的機械人作業系統：HOS，而該OS是篠原重工的作品。嚴重的是眼下大部分的機械人都已更換此系統，如果東京內的大部分機械人一起暴走，那東京就將毀滅，所以後藤他們認為潛在的危機十分可怕。 但是目前沒有任何的證據證明機械人暴走與HOS有關，此後藤委託松井刑事協助調查。當調查到HOS主創人員帆場時，他早已把自己的過去資料抹去，唯有他的住處記錄還存在。 松井追隨著幾年來帆場所暫住的地方，驚異的發現帆場在這幾年內竟然搬過20幾次家...

西元 2002 年冬天，橫濱的灣岸大橋突然遭不明飛機發射飛彈攻擊，此事件在向來平靜的東京 引起了極大的震撼與不安，日本自衛隊在調查後隨即對外宣佈該飛機已失蹤而草草結案…… 　　警方從事件的一些跡象中發現自衛隊似乎刻意隱瞞某些事實，為了介入事件的調查，因而與自衛隊發生嚴重的對立，雙方的衝突日益激烈，市政府為了保衛東京 的安全，於是派出機動警察部隊，內戰幾乎一觸即發，東京長久以來的和平亦將破滅……...

連續的破壞活動出現在東京灣附近。城南署的刑事久住及秦負責此案的調查工作。調查中，秦認識了擔任大學講師的冴子，並漸漸地對她產生了好感。之后，秦與久住在東京灣上的儲備基地遭遇了將人類一個個吞噬的異型怪物，原以為這個怪物就是連續襲擊事件的真正凶手，沒想到怪物遺留於現場的肉塊，卻讓整個事件產生了翻天覆地的大轉變，事件的內幕波及到了警視廳、防衛廳及特車二課，甚至還發現了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人驚愕的真相，黑暗中自衛隊已經開始行動。正當秦不知所措之時，怪物再度出現於東京灣。為了結束這場悲痛的戰...

近代的經典科幻作品《機動警察》系列新作《機動警察 REBOOT》，為紀念動畫上映，官方於網路上公開了紀念宣傳影片。...

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